Shadow Empires уводи нови концепт у игру - фракције. На почетку игре играч бира свој народ и фракцију. Постоји 5 фракција. Свака почиње на другој позицији на мапи:

Царство – у центру	Династија – на југоистоку
Побуњеници – на северозападу	Хорде – на истоку
Мародери – на северу

У почетку нови играчи одређених фракција започињу у истом региону. Када је регион попуњен нови играчи се појављују у суседном, итд. Не зависи више од квадранта или удаљености од центра.

Региони

Фракције не само да одређују почетну позицију играча, већ уводе и нови ниво сарадње између играча.

Регионе сада освајају фракције, а не појединачни савези. Сада фракције и савези помажу у освајању региона и добијању победничких поена. Међутим, само један савез може имати приступ древним моћима у региону. Погледајте чланак о регионима и древним моћима за више детаља.

Играчи и савези у фракцијама

Играчи бирају своју фракцију на почетку игре и не могу касније да промене свој избор.

Савез припада фракцији играча који је основао савез и такођер не може бити промењено касније.

Међутим, играчи могу слободно да се придруже било којем савезу. Чак и ако поченете игру као побуњеник, можете да се придружите Хорди или било којој другој фракцији.